تشکیلات اداری آستان قدس در طول تاریخ با آداب و رسوم مختلف زیر نظر متولیان بوده و مقامات دولت و حکومت حق مداخله در امور روضه مبارکه را نداشته اند.
متولیان مضجع مطهر حضرت توسط حاکمان عصر خود منصوب می شدند، حتی زمانیکه حاکمان حنفی و اهل سنت بودند. بنابراین متصدیان ناگزیر مجری سیاست های روز بودند و به تظاهر مذهب تشیع نداشته و اغلب تقیه می کردند .
عناوین در گذشته در آستان مقدس حضرت معمول بوده و اشخاص آن را از افتخارات خود میدانستند.این القاب از جانب نائب التولیه آستان قدس و یا سلطان وقت صادر می گردید و صاحبان عناوین هرکدام وظیفه ای داشتند.
مرکز ادارات در گذشته در نزدیک حرم و در ساختمانی به نام دارالتولیه در باغ آصف الدوله بوده است که اکثر نائب التولیه ها در آنجا سکنی داشته اند. بعد از انقلاب دفتر آستان قدس دفتر خود را در شمال صحن موزه مستقر کرد.